故事发生在19世纪的英格兰，青年奥斯卡（拉尔夫·费因斯RalphFiennes饰）是一位传教士，心怀远大理想的他踏上了前往澳洲内陆的旅途，准备在那里展开自己的事业，让更多的人承蒙主的恩赐。露辛迪亚（凯特·布兰切特CateBlanchett饰）从小在富裕的家庭长大，衣食无忧的生活让她保留了美好的梦想和纯洁的心灵，在继承了父亲的玻璃厂之后，她决心将解放女性自立自强的态度发扬光大。　　在漂泊在大海上...

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题...